Les micro-organismes forment un ensemble très hétérogène. Ils comprennent les procaryotes (bactéries), les protistes (organismes eucaryotes unicellulaires) et les virus. La taille des micro-organismes diffère selon les groupes et les espèces, mais elle est le plus souvent de l'ordre du micromètre pour les bactéries et les protistes, et de quelques dizaines à quelques centaines de nanomètres pour les virus. Les micro-organismes jouent un rôle très important dans les cycles écologiques. Ainsi, beaucoup sont des décomposeurs qui recyclent la matière organique morte en éléments minéraux.

Les micro-organismes et l'homme.

L'immense majorité des micro-organismes est sans aucune incidence sur la santé humaine ; cependant, un certain nombre sont pathogènes. Ils vivent en parasites sur la peau (par ex. les champignons qui provoquent les mycoses) ou à l'intérieur du corps (virus, bactéries, protozoaires), provoquant des maladies très diverses. Mais il existe aussi de nombreuses bactéries inoffensives qui vivent sur la peau ou dans le corps, où elles trouvent leur nourriture (ce sont des organismes commensaux) : en occupant ainsi les lieux, elles contribuent à empêcher l'installation de micro-organismes pathogènes.