Cette abbaye de Port-Royal des Champs, dédoublée en 1625 avec l'ouverture de Port-Royal de Paris, devint un foyer actif de vie religieuse et intellectuelle qui attira de nombreux solitaires (Pascal, les Arnauld). Plusieurs de ces « messieurs de Port-Royal » se firent pédagogues dans les « Petites Écoles », pour lesquelles furent rédigées notamment la Grammaire et la Logique dites de Port-Royal. En 1656, la persécution s'abat sur le groupe, devenu le noyau le plus irréductible du jansénisme. Les religieuses, qui en 1664 refuseront de souscrire à un « formulaire » de compromis, sont séquestrées et frappées d'interdit. Après un temps de rémission, Louis XIV intensifie la persécution, qui aboutit, en 1709, à l'expulsion des moniales et, en 1710, à la démolition du couvent.
