Appelé en 428 par l'empereur Théodose II pour occuper le siège patriarcal, il exposa, sur les rapports entre la divinité et l'humanité de Jésus-Christ, des thèses qui furent combattues par Cyrille, patriarche d'Alexandrie, et condamnées par les conciles d'Éphèse en 431 et de Chalcédoine en 451. Selon le nestorianisme, il y avait en Jésus-Christ deux personnes distinctes, l'une divine, l'autre humaine, qui étaient simplement conjointes, sans cette véritable union que les théologiens disent « hypostatique ». Il s'ensuivait que Marie ne pouvait être appelée « Mère de Dieu » (Theotokos) et n'était considérée que comme la mère de l'homme Jésus. Nestorius, déposé de son siège en 431, mourut dans l'exil en Haute-Égypte.
