Il établit la Réforme en Écosse en prenant pour référence la doctrine de Calvin. Contraint à l'exil à plusieurs reprises, notamment en 1554 par Marie Tudor, il rentre dans sa patrie en 1559, sous Élisabeth Ire, pour contribuer à y établir le presbytérianisme en rédigeant la Confessio Scotica et le Book of Common Order.
