Lors de la guerre contre Rome, il est chargé du commandement de la Galilée. Convaincu, en fait, de l'inutilité de cette guerre désespérée, il est contraint à la capitulation après une défense héroïque (67) et conduit auprès de Vespasien, dont il sait conquérir la protection et qui l'affranchit. Ainsi assiste-t-il aux côtés de Titus à la prise de Jérusalem (70). Il s'installe ensuite à Rome, où il rédige en grec la Guerre des Juifs, les Antiquités judaïques et le Contre Apion (plaidoyer contre l'antisémitisme gréco-romain).
